国内很多污水处理厂都设置了污泥厌氧消化处理设施，但是目前仍在正常运行的只有少数几个，原因何在？中科院地理科学与资源所环境修复中心教授陈同斌对此表示，污泥厌氧消化从理论上说是很好的处理技术，但目前还存在一些问题尚待解决。
　　他说，目前来看，我国污泥消化处理的相关工程经验不多，大型的污泥消化设备大都是从国外进口的，基础投资和运行成本较高。除此之外，还需投入大量资金建设配套处理设施。“污泥厌氧消化会产生大量的甲烷等易燃气体，对消防安全等级要求和管理要求比较高。”
　　陈同斌指出，污泥经厌氧消化后只能减量1/3到1/2左右，还会留下大量剩余污泥(残渣)需要通过其他技术进行处理。产生的消化液COD浓度相当高，还需建立配套的污水处理设施或返回到污水处理厂处理。这都需要大量的额外投资和运行成本。因此，建设消化处理工程不能仅仅考虑消化装置的投资和运行成本，还要考虑其他配套设施的投资和运行成本。
　　在国外普遍使用的消化技术，在我国运行效果并不理想的原因还与我国污泥含砂量较高、有机质含量低、可生化性差相关，消化设备运行的稳定性、沼气产率等指标普遍都达不到国外的标准。
　　清华大学环境工程系教授王凯军也曾撰文指出:污泥厌氧消化的投资高，处理费用约占污水处理厂投资和运行费用的20~40％，并且污泥厌氧消化处理技术较复杂。在我国仅有的十几座污泥消化池中，能够正常运行的为数不多。
　　他根据我国城市污水处理发展的现状，提出应该重视污水污泥厌氧处理新工艺开发，并提出城市污水污泥厌氧处理工艺落后于厌氧污水处理工艺发展，甚至落后于工业废水相关(污泥处理)领域发展的论断。通过对于厌氧处理工艺的综合研究，他认为污泥厌氧工艺开发，应该将现有的相关成熟技术最大程度地集成和整合，集中突破技术难点和关键技术。